המומחיות והמוניטין של עו"ד ניר ברזל בתחום האגודות השיתופיות הובילו למינויו כבורר מטעם רשם האגודות השיתופיות בסכסוכים שבין חברי מושבים למושבים. התקנונים של מרבית האגודות השיתופיות בארץ כוללים סעיף בוררות, במקרים של סכסוכים בין חברים לאגודה או בין חברים לחברים בקשר לעסקי האגודה. במרבית המקרים, סעיף הבוררות כולל הפנייה לרשם האגודות השיתופיות, הרשאי לברר את הסכסוך בעצמו או להפנותו לבורר מטעמו.

עו"ד ברזל נכלל ברשימת הבוררים הנ"ל זה למעלה מ-10 שנים, עם התמחות בסכסוכי נחלות במושבים ומחלוקות הנוגעות למים ותשתיות. הליך הבוררות, המתקיים במשרדו של עו"ד ברזל, הינו הליך שיפוטי לכל דבר, הכולל כתבי טענות, תצהירים, דיון הוכחות וסיכומים. הבורר מוסמך להכריע כפי שנראה לו צודק ונכון ו"לפי מיטב השפיטה", אך מטבע הדברים, כאשר מדובר בבורר שהוא משפטן, ההכרעה הינה משפטית. לצדדים נתונה זכות להשיג על פסק הבורר בפני רשם האגודות השיתופיות. אם גם פסקו של הרשם אינו מקובל עליהם, הם רשאים לעתור כנגדו לבג"צ, בעילות מוגבלות.

במקרים אחרים מונה עו"ד ברזל על ידי בתי משפט למשפחה לבעל תפקיד הפועל לצד בית המשפטי כמסייע בסכסוכי נחלות. באחד המקרים, שבו מונה עו"ד ברזל לאפוטרופוס לדין לחסוי, הדגיש ביהמ"ש כי מינויו של עו"ד ברזל לתפקידו נעשה על רקע "מומחיותו ועיסוקו" וציין כי "אין חולק שכישוריו המשפטיים והאישיותיים תרמו לפתרון הסכסוך" (ת"ע 48639-07-12).